(hodowla lasu, szkółkarstwo), zwana także mikoryzą wewnętrzną lub mikoryzą arbuskularną; strzępki grzyba wnikają przez ściany komórkowe miękiszu kory pierwotnej korzenia tworząc masę skręconych strzępek we wnętrzu komórki, zwanych jako arbuskule. Strzępki faktycznie nie przenikają przez błonę komórkową, która tworzy wielokrotne wpuklenia wokół nich, zwiększając znacznie swoją powierzchnię kontaktu. U niektórych gatunków, w innych komórkach, strzępki tworzą ponadto pęchechyki wypełnione substancją olejową najprawdopodobniej o charakterze zapasowym. Grzyby nie wnikają głębiej niż do miękiszu kory pierwotnej korzenia. Endomikoryzy spotyka się u większości roślin zielnych, większości drzew tropikalnych oraz u niektórych roślin drzewiastych klimatu umiarkowanego.
Szkółkarstwo kontenerowe. Nowe technologie i techniki w szkółkarstwie leśnym. K. Szabla, R. Pabian. Centrum Informacyjne Lasów Państwowych. Warszawa 2003 Biologia roślin. Krótkie wykłady. A.J. Lack, D.E. Evans. Wydawnictwo Naukowe PWN. Warszawa 2003